孵化后的仔魚飼養20天至1個月，魚體長到3cm左右時，就要開始進行挑選，挑選是去劣留優，強化生長速度，以達到保護跗性狀的目的，因此，挑選幼魚是飼養過程中獲得優質錦鯉重要的1個環節，一般挑選工作是在孵化后的3個多月期間內進行3－4次挑選。挑選因品種的不同，生長速度的快慢和出現斑紋的早晚而挑選的時間也有差異，例如：昭和三色錦鯉是在孵化兩個多星期時進行挑選；黃金系統錦鯉則為50天開始挑選；而紅白系和大正三色系統的錦鯉，為60天左右開始挑選。總之，是幼魚生長到體長3－5cm開始的。其要點是：首先去掉畸形，色彩不鮮艷的魚。還要依照花紋的生長善和質量好壞的標準進行挑選，紅白系錦鯉，紅斑紋顏色淡的，應淘汰；黃金系錦鯉頭部無光澤、鱗片覆蓋不好、魚體雜斑多，胸鯉生長不好，均要淘汰。
　　錦鯉在喂養過程中淘汰率較高，若1尾親魚一般產卵20萬－40萬粒，孵化后經過數次挑選，后只能留下約 5000尾大魚，據有關資料介紹，親魚產卵10萬粒，經4－5日孵化后，獲仔魚6萬－7萬尾；再經20天的喂養可獲體長2cm的幼魚3萬尾；至7月份經第一次挑選，又一次雖去弱，只留下約1.6萬尾；再經第二次挑選或日常喂養中的淘汰，則只能留下5470尾魚；至11月越冬時，只有魚3600尾。